في هذه النقطة أود أن أنتقل مباشرة إلى العصر الحديث ( مناقشة للفترة الحديثة المبكرة سيتم أضافتهافي وقت لاحق ) .في محاولة لتعريف من هو النينجا في العصر الحاضر( قبل 1868) هي مسألة مراوغة. و هذا بسبب اختلافات أساسية في خصائص العصر الحديث مقابل العهد الحديث أو ما قبل المبكر. ان أكثر ما يمكن ملاحظته بشكل بارز هو التغيير من الجيش إلى القاعدة المدنية، و كذلك التحول من ما قبل الصناعي إلى المجتمع الصناعي، ومن العزل الدولي النسبي إلى بلد منفتح للدول الأجنبية وتأثيرها ( و خاصة الدول الغربية ) تأثير. أن التغير إلى القاعدة المدنية صاحبه إلغاء نظام الطبقات ، لينهي 700 سنة من التحكم العسكري. إنه ضد هذه الخلفية التي يجب أن نحاول أن نتتبع تطور النينجا.
و كاالمدارس القتالية ومكاتب الجيش و التي كانت أما جزء أو مدعومة من قبل الشوقيونيت و دايميو (shogunate و, ( daimyo ترك النينجا بدون أرباب أعمالهم التقليديون . علاوة على ذلك ، تركوا بدون دورهم الاساسي كمفتشين إقليميين و جنود تابعين لإيدو باكيوفو((bakufu Edo و مع ذلك ليس مثل المدارس القتالية مثل المدرسة المنظّمة بدار ياقيو (Yagyu )، و التي ركزت على الحفظ والإرسال المنظّم لتقنياتهم القتالية ، فقد كان يتم استخدام النينجا في الغالب كجنود بدلا من معلمين. ولذلك، ادىسقوط باكيوفيو (bakufu ) في عام 1868 الى ترك محاربي الساموراي و مقاتلي النينجا يعالجون الحداثة والبطالة لوحدهم. وقد كانت التقاليد القتالية التي كانت مشهورة ومدعومة من قبل الباكيوفيو أو المحاربون البارزون قادرة على الإنتقال إلى الفترة الحديثة والتكيف مع الحقيقة الجديدة بالسهولة النسبية. و على أية حال، كان على النينجا الذي لم يؤسس المدارس القتالية الشكلية التي كانت مفتوحة لعامة شعب الساموراي أن يتأقلم و يتكيف مع الشروط المفروضة الجديدة من الحداثة بتطوير مهارات جديدة (مثل المزارعون،و الفنانون ) ويجد وظائف جديدة.
و في إحساسهم التاريخي توقف مقاتلوا النينجا مثل محاربوا الساموراي عن الظهور كمجموعة إجتماعية أو قتالية. و بما أن النينجا لم يكونوا أبدا مجموعة إجتماعية معترف بها بشكل رسمي، كان يمكن أن يحافظوا على هويتهم بهذا الاسم. وعلى الرغم من هذا كان وجودهم متوقف على الشروط الإجتماعية الإجمالية والشروط القتالية أكثر من اللازم ضمن النطاق الذي وجدوا فيه، و ليثبتوا ان عائلات النينجا والمحاربين المنفردين استمروا في العمل حتى بعد ان تصبح إعادة الميجي (Meiji ) عقيمة. و مثل ما أن مجادلة أن الجنود في جيش اليابان الحديث هم في الحقيقة محاربوا ساموراي هي مجادلة عارية عن الصحة، فان مجادلة التي تقول أن مقاتلي النينجا اصبحوا جواسيس حديثين مثلها ايضا .لا يستطيع احد ان يفصل النينجا من سياقهم التاريخي بدون تحريف التاريخ. و بعلمنالذلك، كيف نعرف أولئك الذين يتعلمون ويمارسون التقاليد القتالية والتي ترتبط مع مقاتلي النينجا قبل العصر الحديث .
إن من المرغم أن نعرف أن من ضمن مجموعة النينجا - حتى نحن - الذين يدرسون و يمارسون، و يتعلمون ويحفظون هذه التقاليدالقتالية. و لكن إذا لم يعد تاريخ النينجا موجودا فاننا سنكون في ذات الورطة المتعلقة بالهوية الذاتية. و حلها في معرفة أننا نحتاجلأن ننظر الى جوهر هذه التقاليد القتالية و ليس الى سياقهم التاريخي. فهذه التقاليد القتالية نشأت من تاريخ نينجا نقل مهاراتالقتال المستعملة من قبل النينجا الذين وجدوا قبل العصر الحديث ، لكنهم ايضا نقلوا نظرة عالمية و فلسفة وروح قتال والتي ليسلها حد من قبل الفترات التاريخية. إذن، لذا فان من الدقة أن نعرض النينجا التاريخي كمن تم استبداله بالمحاربين الحديثين الذين يحافظون على التقاليد القتالية ما قبل الحديثة و تأهيل الفرد كنينجا متروك للتعقل الشخص و لكن على أية حال إنها مسألة الإدراك الذاتي و ليست مسألة الإستمرار التاريخي .